1) Altere o número da próxima NFC-e ou NF-e que será emitida em Configurações (para isso terá que saber qual o número da última nota emitida). Exemplo: Se a última emitida foi 100 altere para 101, guarde e envie novamente nota.
2) Se não sabe qual foi a última nota emitida, poderá alterar a série também, colocando a série 2 por exemplo e alterar a próxima nota para 1, assim irá reiniciar a contagem das notas.
Rejeição 539: Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso – Como resolver?
Já foi emitida um nota com esse mesmo número antes em outro sistema.